Во время 2-ой Мировой войны, когда Волынь была оккупирована первоначально Красной армией, а затем немецкими войсками, архиепископ Алексий возглавил Украинскую Автономную Церковь и на происходившем 19 июля 1941 года в Почаевской лавре Соборе епископов был возведен в сан митрополита этой Церкви. На освобожденных от большевиков землях в то время существовала также и Украинская Автокефальная Церковь, очень скоро подпавшая под политическое влияние Украинского Национального Объединения сепаратистов, руководимого так называемыми "бандеровцами", и оказавшаяся орудием сложной политической игры. Против митрополита Алексия все время велась усиленная агитация, уже как против врага Украины.
В результате больших церковных осложнений, митрополит Алексий был 7-го мая 1943 года убит из засады по пути из Почаевской лавры в город Ровно.
Нормальное сообщение Дубно — Кременец давно прекратилось; по дорогам всюду появлялись неожиданные засады; почта и телеграф не работали; немецкие поезда подвергались взрывам, а машины — обстрелу. Германская армия под влиянием неудач на фронте разлагалась в тылу.
В это время для урегулирования некоторых церковных вопросов митрополит Алексий был приглашен немецким комиссаром в Ровно. Владыка приехал из Кременца в сопровождении протоиерея Феодора Юркевича, студента-переводчика Сергия Канаренко и шофера Марка Жихарева. Когда проезжали большой Смыгский лес, близ поселка Смыга, из лесной засады машину Митрополита начали обстреливать из пулемета. Первыми были убиты спутники Владыки. Владыка Алексий был тяжело ранен в грудь и живот. В окровавленной рясе и панагии, с поцарапанным осколками стекла лицом, склонившись на убитого отца Протоиерея, болезненно стонал, несколько часов истекая кровью. Ехавшие из Дубно две немецких машины хотели остановиться возле свалившегося у телеграфного столба автомобиля и узнать в чем дело, но их стали обстреливать; с разбитыми стеклами, развив максимальную скорость, они умчались в Кременец. При участии двух немецких бронированных машин с пулеметами и кружившегося над лесом самолета, были извлечены из полуразбитого автомобиля и перенесены в санитарную машину убиенные и тяжело раненый митрополит Алексий, тихо сказавший: "Только в Кременец". Медицинская помощь оказалась запоздавшей, и врачи, при всем искреннем усердии, не могли поддержать его угасающую жизнь. В тяжелых страданиях митрополит Алексий вечером скончался.
В день погребения город был в трауре. Духовенство, братия Лавры и все горожане собрались у Богоявленского монастыря. Погребение совершали: архиепископ Дамаскин и епископы Феодор и Евлогий.
На вопрос, кто же убил владыку Митрополита и его спутников, трудно ответить. По одной версии — это было делом советских партизан, по другой — партизан украинских, так называемых "бандеровцев". Однако, все соглашались, что убийство Митрополита было организовано и совершено по политическим мотивам.